主要包括植物分类、植物地理、植物化学成分的分析、植物与气侯的关系和木材利用的研究等。设有植物腊叶标本室和木材标本室。目前植物腊叶标本室收藏国内植物标本10万余份;木材标本室有木材标本7000多份。近两年来开展木材利用工程的研究，它包含两部分:

 (一)森林采伐、更新与自然环境的关系。

 (二)木材的应用。其主要内容有:

1、树种识别，

2、向社会上介绍新的树种，

3、把实验室的技术推广到生产中去。

针对以上的内容和目的，具体开展下列的科研项目:(I)纯技术性的研究:①木材(包括树皮)的形态解剖，②材性，③木材干燥，④禾材的保存与防虫、防腐等。生产性的研究，如木材加工，家具制作、单板，胶合板、纤维板、纤维、纸浆等。

亚马逊地区的树种极为丰富，有人说2500多种，也有人说4000余种，究竟多少种现在还未搞清楚。最近他们发表了10个树种的材性资料，到目前为止，在刊物上才正式发表了近50个树种的材性资料，绝大部分树种还未进行材性试验，材性数据不清，全产上未能广泛使用。

他们对松香、油脂、橡胶、.药用等的经济植物进行了调查研究。特别注意寻找植物体中含有维他命和抗病的物质(当地印第安人对应用草药治病特别有经验)。该研究所还编辑出版了《有毒植物》等书。他们在油脂植物中着重寻找提取油或酒精，用来代替汽油。据介绍，他们在亚马逊河流域和圣保罗州一带进行了广泛调查，从400多种的树木中选出一种属于苏木科的多年生乔木，当地称为“苦配巴”(Copaiba)(拉丁学名Copaifera multijuga Hayne )。这种树能直接形成与原油相似的碳氢物，其化学成份类似柴油，可以代替柴油使用，据测定一裸100年生的“苦配巴”树，年产原油达26加仑。他们自豪地预计，不久的将来，巴西将从能源进口国变为能源出口国。